潔凈手術室的原理與普通潔凈室大致相同，可以參考普通潔凈室的概念，但是普通潔凈室主要關注粒子而潔凈手術室主要關注的是細菌與病毒。

國際標準化組織（IS0）的14644-1標準對潔凈室是這樣說明的：該潔凈室的懸浮粒子濃度受控，其建造和使用方式是使進入、產生、滯留于室內的粒子最少；室內其他參數(shù)，比如溫度、濕度、氣壓、按需要受控。該定義的前半部分基本上說明什么是潔凈，這是一個使粒子的進入、產生、滯留最少化的房間。要實現(xiàn)這一點，首先，要對極大量的送風經高效過濾器過濾。

這種送風的目的在于：

（1）稀釋并清除室內人員和設備散發(fā)出的粒子和細菌；

（2）向房間加壓，確保臟空氣不會流入潔凈室。其次，潔凈室的建筑材料不產生粒子且便于清潔。最后，潔凈室人員使用服裝罩住身體，使他們散發(fā)的粒子和微生物最少。這些措施及其他使用潔凈室引入、產生、滯留的污染降至最少的類擬措施。潔凈室還可以控制溫度、濕度、聲音、照明、振動。

潔凈空氣處理：室外新風經過初效段、混合室內回風，再經中效段、高效段過濾后送入潔凈室，在一定的換氣次數(shù)下達到控制空氣中微粒數(shù)量的目的?？諝膺€可以進行加熱、制冷、加濕、除濕、殺菌等各種處理，獲得恒溫恒濕與無菌的狀態(tài)。根據(jù)潔凈級別的高低，室內氣流的組織方式可以為層流。