主要有幾個方面：
一是生產車間空氣及設備、器具表面和工作服的殺菌消毒；
二是生產加工用水的殺菌凈化和制備高濃度的臭氧消毒液；
三是冷庫消毒殺菌除臭；四是食品保鮮，使新陳代謝產物氧化，從而抑制其過程。
冷藏庫中的應用
冷藏庫生產車間空氣殺菌消毒生產車間的微生物污染是影響產品質量的極重要因素，臭氧不但可以有效地殺滅它們，并可有效去除車間異味。通過在各種食品加工企業(yè)的應用實例證明，使用臭氧消毒機能使生產車間的空氣、地面、操作臺、器具等物體表面細菌指標合格，空氣中微生物降低50%～70%，其食品上的細菌生長受到極大抑制。而且一些肉禽屠宰車間內的異味也有明顯降低。實驗證明，在150m3車間內，臭氧消毒2h（測量臭氧濃度在4×10-6左右）前后對照數據：
空氣細菌總數 消毒前（個/m3） 消毒后（個/m3）
冷卻間 105 26
包裝間 132 50