復合微生物肥的作用機理不同于化學肥料可提供一種微生物群落的“單一微生物肥料”或“專用微生物制劑（肥料）”；可提供兩種以上微生物群落的“復合微生物制劑（肥料）”。根據(jù)微生物的作用，微生物制劑可分為固氮菌（菌劑）和菌（菌劑）。在作物上施用復合微生物肥，不僅可以提高無機肥的有效利用率，而且可以使土壤中的有益放線菌和固氮菌數(shù)量分別增加8.4倍和39倍以上，從而使蔬菜得到活化和疏松，提高土壤肥力，提高土壤肥力促進微生物的大規(guī)模繁殖。在土壤中沉積和固定多年的化肥可以被活化，然后再被作物利用。