循環(huán)水養(yǎng)殖模式相對于傳統(tǒng)養(yǎng)殖來說具有極大的優(yōu)勢，但在其發(fā)展和推廣過程中依然面臨很多問題。目前制約循環(huán)水養(yǎng)殖發(fā)展和推廣的重要問題主要包括以下幾個方面：

設備運行成本高。國內循環(huán)水設備相對國外技術來說，普遍存在著使用壽命短、處理效率低能耗成本過高的問題，同時水處理工藝和養(yǎng)殖管理水平也有待提高，造成企業(yè)運營成本高昂，產(chǎn)品缺乏市場競爭力，因此大部分循環(huán)水養(yǎng)殖企業(yè)處于基本維持和補貼運營的狀態(tài)，甚至處于停頓之中。

水處理穩(wěn)定性有待提高。

高密度工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的優(yōu)勢就是不受季節(jié)和天氣的影響，全天候的生產(chǎn)，達到這種預期的目標離不開合理的水處理工藝設備和的科學的養(yǎng)殖管理。高密的養(yǎng)殖下，一旦系統(tǒng)崩潰、疾病爆發(fā)或循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)運行的穩(wěn)定性和系統(tǒng)總水量的平衡、生物濾池的維護、過濾設施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養(yǎng)殖密度以及水質的檢測和疾病的都是分不開的。因此，循環(huán)水系統(tǒng)的科學有效運行是多學科知識的綜合體現(xiàn)。

企業(yè)和養(yǎng)殖人員對循環(huán)水系統(tǒng)認識不足

研究調查發(fā)現(xiàn)，很多企業(yè)對循環(huán)水養(yǎng)殖的原理、水處理設施設備的作用、運行參數(shù)等知之甚少，直接影響到系統(tǒng)的運行管理。較高的進入門檻也進一步加大了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的推廣難度。